生物反應器有很多種類型。根據用途，它們具有多種形狀，從使用酶來獲取目標物質的經典例子，到培養細胞或微生物來生產目標物質的例子。用于生物制藥生產的細胞培養和細菌培養設備有時被稱為生物反應器。

液體生物反應器是最常見的，其中原料是液體形式。另一方面，在曲霉和酶工業中，由于原料是固體的，所以使用固體生物反應器。此外，利用植物細胞、藻類、光合細菌等進行光合作用的反應要素，設計用于供給光的光合生物反應器也已被開發并投入使用。

工業生物反應器相對較大，而分析生物反應器相對較小。具體來說，微生物反應器的目的是檢測反應產物而不回收它們，并且已經開發出能夠分析幾毫升到幾微升液體的模型。